En la salud humana, determinadas concentraciones de estos compuestos de azufre y nitrógeno de la atmósfera pueden penetrar a los sistemas respiratorio y cardiovascular, dando como resultado enfermedades o incluso la muerte.Los metales pueden separarse del suelo hacia las reservas de agua o de viejas tuberías de plomo y cobre, llegando directamente hacia el agua corriente de los hogares y causando serias enfermedades.
En las edificaciones, principalmente los construidos por rocas calcáreas (calizas y mármoles) y por aquellas rocas que estén cementadas por carbonatos, (areniscas y otras) son especialmente sensibles a la lluvia ácida. El carbonato cálcico de todas estas rocas es atacado por los ácidos, transformándose en yeso, formando una costra llamada sulfin, que no sólo es mas soluble y por tanto, mas fácilmente
CaCO3 + H2SO4 
Ca SO4 + CO2 + H2O
Ca SO4 + CO2 + H2O
arrastrada por el agua, sino que, además, por ocupar más volumen, actúa como una cuña sobre la piedra, aumentando la destrucción de la misma ahora por erosión mecánica. Todo ello produce una descomposición superficial de la piedra en forma de exfoliaciones, arenilla y desprendimiento de las capas externas. Lo que a su vez da como resultado un desgaste de los relieves y formas escultóricos, así como pérdida de las policromías e incluso el desprendimiento de algunas partes, que pueden producir inestabilidad mecánica y daños muy serios en este tipo de edificaciones.
Las plantas, sufren abrasión de sus partes verdes, principalmente las hojas; con estos órganos dañados la planta queda debilitada, su desarrollo se ralentiza , queda con más sensibilidad a los periodos de sequía. Esto puede llegar a causar la muerte de grandes masas vegetales, como los bosques, y el deterioros más o menos importante de la producciones agrícolas afectando en gran parte el ecosistema.
En el agua, las poblaciones de algas, plantas y animales acuáticos se dañan de varias maneras. El agua ácida interrumpe su ciclo reproductivo, también separa compuestos de aluminio del suelo al agua, obstruyendo las branquias de los peces y alterando la química de su sangre o produciendo otros efectos igualmente tóxicos en otros animales.
En un lago que se va acidificando comienzan a desaparecer especies, empezando por las más sensibles al pH del agua, pero en situaciones extremas desaparecen también las más tolerantes. El exceso de ácido nítrico puede provocar un aumento de nitratos en los lagos, mares y océanos y la consiguiente eutrofización de los mismos con sus dramáticas consecuencias.
